プラチナバイオ、DNABERT-2を用いた予測AIモデルを公開

プラチナバイオが発表した新しいAIモデルの意義

プラチナバイオ株式会社は、広島県東広島市に本社を置くバイオテクノロジー企業であり、革新的な研究を通じて未来の医学や農業に貢献しています。このたび、同社はDNA言語モデルを利用したAI予測モデルの作製プロトコールを公開しました。今回は、その内容と意義について詳しく紹介します。

DNA言語モデルとは？

DNA言語モデルは、AIがDNAの構成要素であるA、T、G、Cからなる配列を学習し、そこから意味のある情報を引き出す技術です。プラチナバイオの新しいプロトコール論文では、特定のゲノム課題に焦点を当てるために、代表的なDNA言語モデルであるDNABERT-2を用いています。これにより、DNA配列からの有意な分析が強化され、研究における再現性が確保されることが期待されます。

プロトコールの内容

本論文は、広島大学のプラチナバイオ共同研究講座内のバイオDX研究室で執筆されました。著者には、同社の研究開発部門のチームリーダーである中前和恭氏と、Chief Scientific Officer (CSO)の坊農秀雅氏が名を連ねています。プロトコールは、DNABERT-2のファインチューニングプロセスを段階的に説明しており、研究者が簡単に実施できる形になっています。これにより、専門知識に依存することなくAIモデルの構築が可能となります。

RNAオフターゲット予測の重要性

また、論文では、ゲノム編集において生じる可能性のある「RNAオフターゲット」の影響を予測するための手法も解説されています。これは、意図しないRNAへの影響を把握する上での重要な一歩であり、今後の基礎研究において価値のある知見が得られるでしょう。さらに、DNA配列からプロモーター配列を予測する手法も提示されており、遺伝子操作に必要な知識を深める助けになると考えられます。

クラウド環境によるAI研究の加速

プロトコールのファインチューニングには、さくらインターネットが提供する高火力VRTクラウドサービスを活用しました。これにより、1日程度でファインチューニング処理が完了する一方、別のGPU構成では3～7日を要することが明らかになりました。この成果は、研究開発の速度において、高性能なクラウドサービスがいかに重要であるかを教えてくれます。

将来に向けたビジョン

プラチナバイオは「バイオテクノロジーで未来を拓く」というビジョンのもと、研究成果を社会実装するための取り組みを強化しています。具体的には、創薬やフード＆アグリテック、そして環境への応用を目指しています。今回のプロトコール公開は、AIとゲノムデータ、計算基盤を融合させた研究を実現する一環であり、今後の展開が期待されます。

文献情報は次の通りです：
論文タイトル：Workflow for Fine-Tuning and Evaluating DNA Language Models for Specific Genomics Issues
掲載先：Bio-protocol
論文リンク

会社概要

プラチナバイオは2019年に設立されたスタートアップ企業で、広島大学のバイオテクノロジーを活用した社会課題の解決を目指しています。彼らの取り組みは、バイオDXやゲノム編集を通じて、新たな価値を生み出すことを目的としています。
所在地：広島県東広島市鏡⼭三丁⽬10番23号
代表者：代表取締役CEO奥原啓輔
ウェブサイト：プラチナバイオ株式会社