このゲームは、2つの時代にまたがるサスペンスストーリーが特徴です。物語は、明治時代に発生した連続殺人事件から始まります。当時、遺体から描かれた謎の紋様は事件を迷宮入りにさせ、歴史に影を落とすことに。事件の発生から100年後、現代の京都では勝木大樹が似たような残忍な殺人事件を捜査しており、これは明治の事件と密接に関わっていると疑われます。この捜査の鍵を握るのは、最先端のAR技術をもとに開発された没入型体験「Echoes of Kyoto」。技術者のクイン理音が開発したこのプログラムによって、過去の京都が再現され、両者はその世界の中で真実を探し続けます。